ESTDEV-i nõukogu on viieliikmeline, kelle asutaja määrab ametisse neljaks aastaks. Nõukogu kavandab sihtasutuse arengut, korraldab juhtimist ja teeb järelvalvet sihtasutuse tegevuse üle.
Jonatan Vseviov (Nõukogu esimees)
Kantsler, välisministeerium
Merike Saks
Kantsler, rahandusministeerium
Andres Rundu
Asekantsler, välismajanduspoliitika ja arengukoostöö küsimustes, välisministeerium
Kadi Metsandi
Juht, arengukoostöö osakond, välisministeerium
Mari-Helene Kaber
Infojuht, Humana Estonia